接合菌亞門（學名：Zygomycota），又稱接合菌門，是真菌界的一個已不再被承認的分類，其成員現屬于兩個門：Mucoromycota和Zoopagomycota。接合菌門真菌的共同特征是有性生殖產生接合孢子，因此通常稱為接合菌。這些真菌的菌絲體無隔，少數在幼嫩時產生隔膜，細胞壁由甲殼質和殼聚質構成。無性繁殖主要產生在孢子囊內的孢囊孢子，少數種類還可形成蟲菌體、節孢子、變形細胞等。有性生殖由相同的或不同的菌絲所產生的兩個同形等大或同形不等大的配子囊，經過接合后形成球形或雙錐形的接合孢子。接合菌門真菌大多數是陸生的，生活在土壤或腐爛的植物或動物物質上，一些是植物、昆蟲和小動物的寄生昆蟲，而另一些則與植物形成共生關系。
形態特征
接合菌的營養體為單倍體，大多是發達的無隔菌絲體，少數的菌絲體不發達，較高等接合菌的菌絲體有隔膜。有的接合菌菌絲體可以分化形成假根和匍匐菌絲。細胞壁的主要成分為甲殼質。接合菌是陸生的，無性繁殖不產生游動孢子，而是在孢子囊中產生孢囊孢子。較低等的接合菌產生大型的孢子囊，里面產生眾多的孢囊孢子；較高等的產生小型孢子囊，里面產生幾個或一個孢囊孢子。
有性生殖是以配子囊配合的方式進行質配。兩個原配子囊接觸后，原配子囊內分別形成一個隔膜，將原配子囊劃分為兩個細胞。頂端的細胞稱為配子囊，與菌絲相連的細胞稱配囊柄。質配時，兩個配子囊相接觸部分的細胞壁消失，融合成一個細胞，以后由這個細胞發育形成接合孢子。
接合菌大多為腐生物。有的是昆蟲的寄生物或共生物；有些接臺菌是維管植物的菌根菌．與高等植物共生形成菌根；而有的接合菌可以用于食品發酵和生產酶與有機酸；還有少數接合菌可以寄生植物、人和動物引起病害。接合菌亞門分2個綱，7個目，已知的約600個種。接合菌綱(Zygomycetes)除毛霉目外，還有兩個目：蟲霉目(Entomophthorales)真菌大都是昆蟲的寄生菌；捕蟲菌目(Zoopagales)真菌大都寄生或攝食土壤中的原生動物界、線蟲和其他小動物。這兩個目的真菌都是形成內含1個孢子的小型孢子囊。毛菌綱(Trichomycetes)真菌是昆蟲的寄生物或共生物，菌絲體以固著器附著在昆蟲消化道或角質層上，并不侵入宿主組織內。
接合菌亞門真菌的共同特性是有性生殖產生接合孢子，通常稱作接合菌。營養體為單倍體，大多是發達的無隔菌絲體。較高等的接合菌菌絲體有隔膜，菌絲體可產生假根，匍匐絲等變態結構。細胞壁為甲殼質。接合菌為陸生的，無性繁殖不產生游動孢子，而是產生具細胞壁的孢囊孢子。有性生殖是以配子囊配合的方式產生接合孢子。接合菌大都是腐生的，有些種類是工業真菌，有些是蟲生真菌，為昆蟲的寄生菌或共生細菌；有的與維管植物根系共生形成菌根；還有少數可以寄生人和動物。寄生植物的接合菌很少。
個別毛霉目真菌如笄霉屬、根霉屬的某些種類可以寄生于植物上，但寄生性弱。有些毛霉目真菌如根霉屬、毛霉屬和犁頭霉屬等，常引起貯藏的谷物等農產品的腐敗。
接合菌亞門不再被認為是一個真正的單系群，因此不再被承認。名稱“接合菌亞門”指的是該類群成員特征性形成的接合孢囊，其中在性繁殖過程中形成抗性的球形孢子。"Zygos"是希臘語，意為“連接”或“軛”，指的是兩根菌絲相互融合形成這些孢子，而"-mycota"是指真菌的一個分類單位的后綴。
接合菌孢子可以通過性和無性手段形成。在萌發之前，孢子處于休眠狀態。有兩種類型的休眠：外源性休眠受環境因素控制，內源性或固有休眠取決于孢子本身的特性。在接合菌中，有絲孢子（囊孢子）是通過無性方式形成的，形成在專門的結構中，即有絲孢子囊（囊孢子囊），含有幾千個孢子，取決于物種。囊孢子的壁很薄，容易被機械刺激破壞，導致成熟的有絲孢子的散布。這些孢子的壁在一些物種中含有孢粉素，由β-胡蘿卜素形成，對生物和化學降解非常抵抗。
接合絲是接合菌的化學性氣生菌絲，是其性器官。它們有兩種不同的交配類型（+）和（-）。由于相對的配型向對方生長，主要是由對方菌絲釋放的揮發性信息素，主要是三孢酸及其前體。一旦兩種相反的交配類型建立了初始接觸，它們通過多個步驟產生一個接合孢子。
三孢酸是一種C-18類萜化合物，通過β-胡蘿卜素和視黃醇途徑在接合菌中合成。它是這些真菌物種性別分化的信息素。三孢酸于1964年被發現，作為一種代謝產物，導致三孢擬囊霉中增強胡蘿卜素的產生。后來證明它是導致粘孢霉中產生接合絲的激素。這項工作是對任何真菌的性激素活性的第一個證明。
光調節在接合菌中也起著重要作用。例如，在Pilobolus crystallinus中，光負責散布機制，而粘孢霉的囊孢子梗則朝著光線生長。當光，特別是藍光，參與真菌發育的調節時，它指導真菌結構的生長并激活代謝途徑。例如，粘孢菌利用光信號促進有絲分裂繁殖和氣生菌絲的生長，以促進孢子的散布。
重力性向日性是植物或真菌對重力的反應或生長運動。在真菌和植物中，重力感應機制都需要類星體。粘孢菌的孢子梗起源于專門的“基底菌絲”，并經歷了幾個獨特的發育階段，直到成熟的無性孢子被釋放。除了正向光性向日性外，孢子梗還受到負重力反應的影響，以使其處于適合孢子散布和分布的位置。這兩種反應都是生長反應，即彎曲是由孢子梗的相對相對側的不同生長速率引起的。
亞種分類
該亞門下分接合菌綱和毛菌綱2綱，約110屬610種。其中許多真菌是食品、發酵、醫藥等工業的生產菌，有的是造林方面的重要菌根菌，有的是人、畜及其他動物的寄生菌和維管植物的弱寄生菌。條件適宜時常可引起食品、果蔬等霉爛變質。其在工業生產中能使淀粉糖化。
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