連鎖不平衡 (linkage disequilibrium, LD)是指分屬兩個或兩個以上基因座位的等位基因同時出現在一條染色體上的幾率，高于隨機出現的頻率。這種現象不僅可以發生在同一條染色體上的不同區域，也可以發生在不同染色體上。連鎖不平衡的程度受多種因素影響，包括遺傳連鎖、自然選擇、基因重組的概率、突變率、遺傳漂變、婚配制度、選型交配以及種群結構等。因此，基因組中連鎖不平衡的模式是構建它的群體遺傳過程的一個強有力的信號。盡管名為“連鎖不平衡”，但不同位點上不存在遺傳連鎖的等位基因之間也可能存在連鎖不平衡，且與等位基因頻率是否處于平衡無關。
簡介
由于HLA不同基因座位的某些基因經常連鎖在一起遺傳，而連鎖的基因并非完全隨機地組成單體型，有些基因總是較多地在一起出現，致使某些單體型在群體中呈現較高的頻率，從而引起連鎖不平衡。連鎖不平衡性也被稱作配子水平的不平衡性或配子不平衡性，但這一概念同樣適用于無性生物，因此不依賴于配子的存在。
解析
例如兩個相鄰的基因A B, 他們各自的等位基因為a b. 假設A B相互獨立遺傳，則后代群體中觀察得到的單倍體基因型 AB 中出現的P(AB)的概率為 P(A) * P（B）．
實際觀察得到群體中單倍體基因型 AB 同時出現的概率為P(AB)。 若這兩對等位基因是非隨機結合的，則P（AB）≠P（A）*P（B）。計算這種不平衡程度的方法為： D = P（AB）－ P(A) * P（B）．
連鎖不平衡分析在連鎖不平衡程度的評估、復雜疾病精細定位以及研究人類的歷史和遷移中得到了越來越廣泛的應用。連鎖不平衡又稱等位基因關聯（allelic association），其原理其實很簡單。
假定兩個緊密連鎖的位點1，2，各有兩個等位型（A，a；B，b），那么在同一條染色體上將有四種可能的組合方式：A—B，A—b，a—B，和a—b。
假定等位型A的頻率為Pa，B的頻率為Pb，那么如果不存在連鎖不平衡（如組成單倍型的等位型間相互獨立，隨機組合）單倍型A—B的頻率就應為PaPb。而如果A與B是相關聯的，單倍型A—B的頻率則應為PaPb+D，D是表示兩位點間LD程度的值。
如果位點2上的等位型B與疾病易患性有關，那么將會觀察到等位型A的頻率在病人群體中高于對照群體。換句話說，等位型A與該疾病性狀相關。
事實上，可以檢測遍布基因組中的大量遺傳標記位點，或者候選基因附近的遺傳標記來尋找到因為與致病位點距離足夠近而表現出與疾病相關的位點，這就是等位基因關聯分析或連鎖不平衡定位基因的基本思想。
參考資料 >