內生菌根是真菌菌絲穿入到維管植物的根部細胞里，在細胞內進行繁殖。內生菌根外表形態不明顯，肉眼難以觀察到，要經過染色，在顯微鏡下才可看到。內生菌根發育在草本植物中較多，蘭科具有典型的內生菌根，此外許多樹木也能形成內生菌根，如柏、雪松、紅豆杉、核桃、白蠟樹、楊、、杜鵑、槭、桑、葡萄、李、柑橘、茶、咖啡、橡膠等，組成菌根的真菌類型比較原始。
可以增加植根部吸收面積，可促進作物生長，增加對水分、礦物營養之吸收能力，特別是對于磷肥的吸收，提早開花與結果，增加花朵數，提高幼苗移植存活率，并可中和重金屬毒害，增加植株耐干旱及病害之能力等。
主要價值
內生菌根菌是微生物之一種，微生物肥料制劑不是肥料，但有肥料之功能。由於這類真菌在感染寄主植物根部後，其根外菌絲可延伸數公分，增加植根部吸收面積，可促進作物生長，增加對水分、礦物營養之吸收能力，特別是對於磷肥的吸收，提早開花與結果，增加花朵數，提高幼苗移植存活率，并可中和重金屬毒害，增加植株耐乾旱及病害之能力等，是目前被為最有效益及發展潛力之「生物肥料」。
作物接種
內生菌根菌之接種效果愈早愈好，通常於育苗期實施，采用穴盤育苗，將作物培養土與內生菌根菌微生物肥料依使用說明以一定之比率混勻後，充分澆水，將催芽後種子播種於培養土上，再覆蓋一層培養土即可。施用上應注意：
2.于使用菌根菌接種源時須注意接種源孢子密度及活力。
3.避免用過量磷肥，磷肥施用量應在一般推薦量之內或減半。
4.育苗期避免灌注土壤殺菌劑。
5.接種源應貯放在陰涼通風或者放在攝氏度 4 度冷藏（冰箱下層處），以確保菌種活力。
蘭科植物
蘭科植物的種子由于是以未分化狀態休眠，所以菌根形成時其發芽起著很大作用。一般認為這是由于真菌吸收各種有機化合物，使它成為蘭科植物可利用的物質，但對同化游離氮素的情況尚不了解。
此外，外內生菌根（ectoendotrophicmycorrhiza）是菌絲伸展薄壁組織的中層，并向各細胞內伸入樹枝狀的吸器而生活的菌根，見于草莓（草莓屬 chilonsis var，ananassa）的根等。
參考資料 >
內生菌根菌.有機農業全球資訊網.2013-11-14
攀枝花市麻瘋樹根際土壤內生菌根菌分布特征.四川省林業科學研究院.2013-09-24