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水麥冬科（學名：Juncaginaceae）是單子葉植物綱澤瀉亞綱的一科，包含4屬約25種，廣泛分布于全球溫帶和寒帶的堿灘上或淡水沼澤中。中國僅有水麥冬屬（Triglochin）一屬，1種—水麥冬（Triglochin palustre Linn.），分布在從西南到東北地區。水麥冬科植物有毒，全草毒性，食用可能引發呼吸麻痹，嚴重可致死。特別是水麥冬屬有時含氫氰酸，牲畜食后可中毒。
形態特征
水麥冬科總的特征為沼生一年生或多年生植物。 葉基生， 有葉鞘， 有時浮水生。 花變化大， 兩性或單性并為雌雄異株或雜性 。葉線形，有鞘。花成總狀花序或穗狀花序，小形，輻射對稱，兩性或單性，無苞，花被3+3，草質，雄蕊6～4，幾無花絲，花藥外向，花粉粒球形，無萌發孔，有網狀雕紋層，雌蕊6～4或結合，子房上位，有羽毛狀柱頭，每室有一基生的倒生胚珠（稀為頂生的直生胚珠）。果實圓筒形或倒卵形，蓇葖或蒴果，有時基部有明顯的距，有時有3個不育，種子無胚乳，染色體基數x=8。
本科和休氏草科（Scheuchzeriaceae）、茨藻屬、水蕹科、眼子菜科等均有關系。
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