為了進一步弘揚吳階平院士的高尚醫德和治學精神，吳階平醫學基金會決定在吳階平醫學獎下設立吳階平醫藥創新獎。
吳階平醫藥創新獎主要獎勵年齡在59周歲以下，在醫學、藥學研究和應用領域取得創新性成就的優秀中青年醫藥工作者。計劃每年評出4-6名獲獎者。
獎項歷史
2012年開始吳階平醫藥創新獎與吳階平醫學獎同期舉行頒獎大會。
獎勵設置
吳階平醫藥創新獎根據國家科學技術發展規劃及醫藥衛生工作重點關注的領域設置評獎學科，每年評選一次，每次評選出4-6位獲獎者。
吳階平醫藥創新獎接受個人和社會各界捐款，所接受款項由吳階平醫學基金會管理、專款專用。
推薦和評審
吳階平醫藥創新獎的推薦、評審遵循公開、公平、公正的原則，不受任何組織或個人的干擾。
吳階平醫學基金會每年根據候選人的專業領域聘請有關專家組成評審委員會，成員不少于15人。
吳階平醫學獎評審委員會辦公室負責吳階平醫藥創新獎的評選組織工作。
吳階平醫藥創新獎候選人由具有推薦資格的推薦人推薦。
吳階平醫藥創新獎推薦人資格：
一、中國科學院院士（生命科學和醫學學部）；中國工程院院士（醫藥衛生學部）
二、中華醫學會各專科分會主任委員
三、醫（藥）科大學校長；國家重點大學醫學院（部）院長（主任）
四、全國重點醫學專業學會會長、理事長
五、國家重大科技計劃首席科學家（醫藥衛生）
吳階平醫藥創新獎評選程序和時間安排：
一、每年年初，評審委員會辦公室（以下簡稱評審辦公室）將本年度推薦評選通知發送至具有推薦資格的推薦人。
二、由具有資格的推薦人獨立或聯名推薦1位候選人（推薦書由網上下載。每位推薦人每年只限推薦1位候選人）。
三、推薦書一式兩份，以信函方式于當年評選通知要求的時間寄送評審辦公室。
四、評審辦公室對推薦材料進行形式審核，并將合格的推薦材料提交評委進行評審。
五、當年8月中旬前后，召開吳階平醫藥創新獎評審會議。參加評審會議的評委人數不能少于全體評委的2/3。會議以無記名投票形式產生獲獎者。
六、吳階平醫學基金會將評選結果提請當年吳階平醫學獎評審委員會終審會議確認。
七、吳階平醫藥創新獎與吳階平醫學獎同期舉行頒獎大會。
八、評選程序和時間安排可根據當年的具體情況做適當調整。
監督與管理
吳階平醫藥創新獎的評審工作接受社會監督。
反對學術腐敗。凡剽竊、侵奪他人的發明、發現及其他科學技術成果，或者以其他不正當手段獲得吳階平醫藥創新獎，一經發現并得到證實，將撤銷其獎勵，追回獎章、證書和獎金。
參與吳階平醫藥創新獎評審活動的有關人員，在評審活動中應按照本條例的規定認真履行職責，自覺抵制弄虛作假，徇私舞弊的行為，杜絕評審活動中的不正之風。
吳階平醫藥創新獎評審委員會委員和有關工作人員對推薦人和候選人的相關信息及評審情況嚴格保密。
獲獎情況
免疫學專家、清華大學醫學院院長、中國科學院院士董晨，皮膚病與性病學專家、中南大學副校長陳翔，天然藥物化學專家、中國人民解放軍海軍軍醫大學藥學院副院長張衛東，消化病學及消化內鏡學專家、中國人民解放軍總醫院第一醫學中心消化內科主任令狐恩強，中西醫結合臨床與藥理學專家、北京中醫藥大學副校長王偉，軍事預防醫學和生物醫學工程學專家、中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院王升啟。?
浙江大學醫學院附屬第二醫院呼吸病學專家沈華浩、中國醫學科學院腫瘤醫院胸部腫瘤專家王潔，中山大學腫瘤防治中心放射治療學（鼻咽癌）專家馬駿、武漢大學中南醫院泌尿外科學專家王行環、首都醫科大學神經外科學專家吉訓明五位教授，獲得2020年度吳階平醫藥創新獎。?
張玉教授、楊正林教授、侯立軍教授、徐瑞華教授、雷光華教授分別獲得2021年度吳階平醫藥創新獎。?
2022年度吳階平醫藥創新獎的獲獎者分別是：流行病學專家、中國人民解放軍海軍軍醫大學流行病學教研室曹廣文，重癥醫學專家、中國醫學科學院北京協和醫院杜斌，消化肝病學專家、空軍軍醫大學第一附屬醫院韓英，藥劑學專家、中國科學院上海藥物研究所李亞平，消化內鏡及普通外科學專家、復旦大學附屬中山醫院周平紅。
參考資料 >
吳階平醫藥創新獎的設立.吳階平醫學基金會.2019-01-05
吳階平醫藥創新獎評選條例.吳階平醫學基金會.2019-01-05
2020年吳階平醫學獎、醫藥創新獎名單出爐！-中山日報APP.中山日報.2020-11-27
聚焦｜2021年度吳階平醫學獎、吳階平醫藥創新獎揭曉_騰訊新聞.騰訊新聞.2021-09-30
2022年度吳階平醫學獎揭曉.今日頭條.2022-09-23