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反向重復序列指兩個序列相同的拷貝在脫氧核糖核酸鏈上呈反向排列，是DNA重復序列的一種類型。反向重復序列散布在整個基因組中，約占人類基因組中占5%，常見于基因的調控區，可能與基因的轉錄、復制有關。反向重復序列的一種形式是反向排列的兩個拷貝間隔著一段序列，另一種形式是兩個拷貝之間沒有間隔序列，呈反向串聯，這種結構又稱回文式序列。起始序列和反向互補序列之間的核苷酸插入序列可以是任何長度，包括零。例如，5'---TTACGnnnnnnCGTAA---3' 是反向重復序列。而當插入序列長度為零時，該復合序列為回文序列。反向重復和定向重復序列均構成重復出現的核酸序列的類型。
術語簡介
反向重復序列 (inverted repeat 序列)：GTGCTAA和TTAGCAC構成反向重復序列。在雙鏈脫氧核糖核酸中反向重復可能引起十字形結構的形成。上面的序列為反向重復序列，同時，注意到它兩條鏈順讀是一樣的，且中間沒有間隔序列，因此它是回文序列。
回文結構（palindromic structure）：在真核生物染色質DNA分子中，還存在大量特殊的序列，這種結構中脫氧核糖核苷酸的排列在DNA兩條鏈中順讀與倒讀其意義是一樣的，脫氧核苷酸的排列對于一個假象的軸成180°旋轉對稱，這種結構稱為回文結構。
幾種重復序列辨析（非正式名詞解釋）：
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