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分子式（molecular formula）是用元素符號表示純凈物（單質、化合物）分子的組成及相對分子質量的化學組成式。有些物質確實由分子構成，在分子內原子間以共價鍵聯結，而分子間以范德華力或氫鍵聯結，這些物質就具有分子式。如氧分子用O?表示，氯化氫分子用HCl表示。分子式不僅表示了物質的組成，更重要的，它能表示物質的一個分子及其成分、組成（分子中各元素原子的數目、分子量和各成分元素的重量比）。所以分子式比最簡式的含義廣。分子式僅能表示一個分子所含每種原子的數目，并不能表明分子的結構。
簡介
分子式和最簡式不同，對化合物來說，它們的分子式是最簡式的整數倍，或者說相對分子質量是最簡式的整數倍。僅當相對分子質量和最簡式式量相同時，最簡式才和分子式相同，這時最簡式就是分子式。
當分子式相同時，也有可能不是一種物質，它們有可能是同分異構體。
例如氧的分子式是O?，表示1個氧分子由2個氧原子組成，分子量是31.9988。
又如乙酸的分子式是C?H?O?，表示1個乙酸分子由2個碳、4個氫原子和2個氧原子組成，分子量是60.05。
水分子的分子式為H?O，它表示1個水分子由2個氫原子和1個氧原子組成。
氯化氫分子的分子式為HCl，表示1個氯化氫分子由1個氫原子和1個氯原子組成。
分子式可示出物質的名稱、相對分子質量、一個分子中所含元素的原子數目及元素質量比等。
可以用分子式的一般都是分子晶體，分子間以分子間作用力（分子間的作用力）相互結合形成的晶體。
通常情況下，分子晶體有分子式，離子晶體、原子晶體和金屬沒有分子式。
與化學式區別
分子式是用元素符號表示純凈物（單質、化合物）的分子的組成及相對分子質量的化學式。而化學式是用元素符號表示物質組成的式子。分子晶體的化學式叫做分子式。
化學式包含分子式。
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