1864年農民起義，是指1864年在新疆庫車、伊犁哈薩克自治州等地爆發的維回各族農民起義。
由于清代地方封建統治的沉重壓迫剝削，俄英和阿古柏的侵略，1864年6月，庫車市、烏魯木齊市的維吾爾、回族農民相繼舉行武裝起義。同年7月齊合、吉木薩爾縣的維吾爾、回族農民發動起義。同年9月，哈密維吾爾族農民舉行起義。這些起義使以伊犁將軍為首的統治階級均驚惶不安，起義前后持續七年之久，形成了庫車、伊犁、烏魯木齊、和田、喀什噶爾等幾個中心，席卷了天山南北的廣大地區。
該次起義推翻了清政府在新疆的封建統治，也反對了俄羅斯和阿古柏的侵略，具有反封建反帝的雙重性，是近代中國第一個革命高潮的重要組成部分，也是新疆近代史上的一件大事，對中國，特別是對新疆歷史的發展起了重要的作用。
重大歷史事件
歷史上，新疆就是一個多事之地。近代以來，也發生了一系列重大歷史事件。
在庫車起義之后的短短幾個月內，庫爾勒、烏魯木齊市、昌吉回族自治州、喀什噶爾、和田地區、哈密市、塔城地區、伊犁哈薩克自治州等地也相繼舉行起義。起義沉重打擊了清代在新疆的統治。伊犁、塔城市的起義群眾在進行反清斗爭的同時，還同沙俄的侵略進行了堅決的斗爭，為捍衛國家主權和領土完整做出了貢獻。在這次反清起義中，各地起義的領導者都首先打起了伊斯蘭教的旗幟，把伊拆蘭教作為號召、發動和組織群眾的工具，激勵起義群眾的宗教感情和斗爭精神，取得了斗爭的初步勝利。伊斯蘭教在這次農民反清大起義中所發揮的作用是積極而重要的。
伊斯蘭教作用
伊斯蘭教在農民起義的初級階段雖然發揮了積極作用，但它的負面作用也很快顯露出來。如同一切利用宗教的起義一樣，伊斯蘭教模糊了起義群眾的階級陣線和斗爭目標，最終導致了起義領導權被伊斯蘭教上層人士所篡奪。在各地起義取得初步勝利后，伊斯蘭教上層人士和封建領主紛紛混入起義隊伍，利用地位和影響，奪取了領導權。一掌權就改變了起義的性質，把一場轟轟烈烈的反對清王朝封建統治的斗爭，變成了一場反對異族統治和反對異教徒的民族大屠殺。
領導權
在最先發動起義的庫車市，起義的領導權很快就被額什丁和卓的后裔熱西丁和卓篡奪。一篡權就提出要把伊斯蘭的寶劍砍到“異教徒”頭上的反動口號，開始了民族大屠殺。篡奪起義領導權的各地伊斯蘭教上層人士和封建領主，也都同熱西丁和卓一樣，不僅屠殺“異教徒”，還紛紛建立割據政權。為了擴展自己的勢力和地盤，這些割據政權之間互相攻伐，把新疆變成了烽火連天的戰場。在割據的地盤內，不斷挑起民族仇殺，迫害“異教徒”，對勞動人民進行殘酷的政治壓迫和經濟剝削。起義群眾不僅沒能改變自己的命運和地位，相反卻遭受了更大的痛苦和災難。更為嚴重的是，各割據政權的混戰，為外敵人侵提供了時機和條件。
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